まだ売上が少ない時期でも顧問契約するメリットはありますか？

あります。
創業期は、税務届出、役員報酬、会計ソフト設定、経費処理、資金繰りなど、最初に整えておくべきことが多くあります。

売上が少ない時期から整えておくことで、後からの修正や申告時の負担を減らしやすくなります。