エンジニア・受託開発の売上計上｜入金でも契約でもない“検収”で決まる理由を税理士が解説
監修税理士 小澤哲二
「パートナー（BP）やフリーランスへの外注、消費税とインボイスは大丈夫?」——SES・受託開発で外注を使う事業者の方へ。
IT・SESはパートナー企業（BP）やフリーランスへの外注が多い業種。その支払いが、相手のインボイス登録の有無で消費税の負担が変わり、さらに「準委任か請負か」「給与か外注費か」の区分を誤ると税務調査で否認されます。この記事では、京都でIT・SESを数多く支援する税理士が、外注まわりの消費税・インボイス・区分を3分で解説します。
- BP（協力会社）やフリーランスに外注している
- 外注先のインボイス未登録で、消費税がどうなるか気になる
- 「準委任」と「請負」、「給与」と「外注費」の違いが曖昧
SESの外注、消費税はどうなる?
あなたが課税事業者（本則課税）なら、BP・フリーランスへ払った外注費の消費税は仕入税額控除で差し引けます。ただしインボイス制度で、控除できるのは登録事業者からの適格請求書が原則。未登録先への支払いは控除が制限されますが、経過措置で一定割合は控除できます。
未登録先の“控除できる割合”スケジュール
令和8年度税制改正で、この経過措置は2年延長され、より緩やかな4段階になりました。数字を覚える必要はなく、「未登録先は少しずつ負担が増える」とだけ押さえればOKです。
| 期間 | 未登録先への支払いで控除できる割合 |
|---|---|
| 〜2026年9月30日 | 80% |
| 2026年10月1日〜2028年9月30日 | 70% |
| 2028年10月1日〜2030年9月30日 | 50% |
| 2030年10月1日〜2031年9月30日 | 30% |
| 2031年10月1日〜 | 控除できない |
※「登録しないなら一方的に値下げ・取引停止」は独占禁止法・下請法上の問題になり得ます。交渉は慎重に。あなた自身が簡易課税・2割特例なら、相手の登録有無を気にしなくてよい場合もあります。
「準委任」と「請負」の違い
SES・受託の契約は、主に準委任（労働時間・作業の提供）と請負（成果物の完成責任）に分かれます。どちらかで、検収・瑕疵担保・売上や外注費の計上時期が変わります。契約書と実際の進め方がそろっていないと、後でトラブルや否認の元になります。
“給与か外注費か”——常駐フリーランスは要注意
自社が時間・作業を細かく管理し、専属的に常駐させているフリーランスへの支払いは、実態次第で給与と認定され、源泉徴収漏れ・消費税の控除否認につながります。契約名ではなく実態で判断される点に注意です。
正しくやるための3ステップ
① 外注先の「登録番号」を確認・整理する
BP・フリーランスから登録番号入りの請求書をもらい、未登録先はリスト化。経過措置の税区分を設定します。
② 契約（準委任/請負）と実態をそろえる
契約書の形と実際の働き方を一致させ、給与認定リスクを避けます。常駐案件は特に確認を。
③ freeeで外注先別に管理する
外注先ごとの登録有無・税区分をfreeeで管理すれば、控除計算が自動化でき、調査にも強くなります。
よくある質問
Q. 外注先が全員インボイス未登録です。どうすれば?
取引をやめる必要はありません。経過措置の範囲で控除しつつ、単価・区分管理・自社の課税方式で無理なく調整します。
Q. 常駐のフリーランスは、外注費で問題ない?
実態が指揮命令下だと給与認定のリスクがあります。契約と働き方を確認し、正しい形に整えます。
Q. 準委任と請負、どちらが有利?
有利不利ではなく、業務の実態に合った契約を選ぶのが正解です。売上・外注費の計上や責任範囲が変わるため、設計を一緒に行います。
BP・フリーランスの登録状況・契約形態から、払い過ぎていないか・給与認定リスクはないかを具体的にお伝えします。freeeで気楽に、でもチームで本気で支える。訪問なし（来所もオンラインもOK）で全国対応です。
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※本記事は一般的な解説です。制度の適用や実態判断は個社の状況・最新の法令により異なります。実際の判断は無料相談でご確認ください。
